体内の炎症や感染の有無、脱水の程度、栄養状態、貧血などを確認します。慢性的な下痢では、腸の病気（炎症性腸疾患など）や内分泌疾患（甲状腺機能亢進症など）の兆候も調べます。

便の性状や細菌・ウイルスの感染、寄生虫の有無、出血（便潜血）などを調べます。感染性腸炎や大腸がん、炎症性腸疾患のスクリーニングとして有用です。

下痢が長引く場合や血便がある場合に、大腸の粘膜を直接観察して、炎症、潰瘍、ポリープ、腫瘍の有無を確認します。必要に応じて組織を採取（生検）し、病理検査を行います。